Confundido frequentemente com o homônimo Japeri Futebol Clube, clube antigo da cidade que só disputou o amadorismo da liga local, este foi criado em 2006 para a disputa do Campeonato Estadual da Terceira Divisão de Profissionais como um clube-empresa apoiado pela prefeitura local.
A campanha foi excelente. Quase conseguiu o acesso para a Segunda Divisão. Terminou a primeira fase como líder de sua chave. Mas, na segunda acabou sendo eliminado, terminando entre os oito primeiros do campeonato. Os cinco mais bem colocados foram promovidos à Segunda Divisão.
O clube encerrou logo as atividades por conta de uma mudança política na cidade. O novo prefeito que assumiu não quis continuar com o projeto do antecessor. Por conta disso, a agremiação não pôde mais continuar a sua crescente trajetória no profissionalismo.
Possui as cores azul e amarelo, as mesmas da cidade de Japeri. É presidido por Luiz Cláudio de Oliveira, mais conhecido pela alcunha de Marujo.
Faltou apenas o endereço do clube.
