Na primeira fase, as equipes jogaram entre si dentro de seus grupos, em turno e returno, passando para a fase seguinte as dezesseis melhores pelo índice técnico. Na segunda fase, os times foram divididos em quatro grupos com o mesmo número de times, que se enfrentaram entre si em turno e returno, avançando os dois melhores de cada grupo. Os oito melhores novamente foram agrupados em grupos de quatro times, de onde saíram os dois semifinalistas até serem conhecidos os dois times que disputaram o título da competição. Os perdedores nas semifinais decidiram, em dois jogos, quem ficou com a terceira vaga no acesso. As três últimas agremiações da Série C deram lugar a três que subiram de divisão.
A novidade daquele ano ficou por conta da classificação de três equipes para a Segunda Divisão em 2010. A competição, antes mesmo de estrear, sofreu a primeira baixa com a saída do Rio Bonito Atlético Clube, por falta de recursos, adiando a primeira rodada do Grupo B para 1 de agosto.
Grupos e participantes
A composição dos grupos e participantes ficou assim definida:
Duelo entre os estreantes Leme e Santa Cruz em 2009
Observação: Através do Ato da Presidência nº 046/09 o presidente da Federação de Futebol do Estado do Rio de Janeiro, Rubens Lopes, revogou a refiliação concedida de forma provisória ao Real Esporte Clube, por se encontrar em absoluta irregularidade perante o Estatuto e Regulamentos da FFERJ, e, por conseqüência, exclui-lo imediatamente do Campeonato Estadual de Profissionais de 2009, Série C, ora em curso. A razão da exclusão da Terceirona se deu por que a equipe angrense não quitou os débitos junto a entidade pela refiliação da equipe como profissional, mesmo sendo notificada 48 horas antes. Por fim declara o Real perdedor pelo escore de 3 a 0 em todos os jogos programados e não realizados na seqüência do Campeonato Estadual de Profissionais da Série C - 2009.
